用户手册

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SmartDalton™ 详细操作步骤

 

注: * 自动功能取决于你的SmartDaltonTM软件配套

 

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SmartDalton 软件使用前的准备


1) 操作环境

1.1) SmartDaltonTM  只可以在Windows 操作系统下使用, 请确保电脑上安装了Windows 7 (或更新的) 版本。

1.2) 电脑至少要有 Java 8 – 64 bit。  需要安装的话,这里是安装连接: https://java.com/en/download/manual.jsp

 

1.3) 要使用SmartDaltonTM, 您的电脑屏幕分辨率至少要全高清 –  1920 x 1080像素。

 

2) 数据

2.1) 准备好GC-MS/LC-MS实验数据文件。*.CDF (or mzXML, mzML, mzData)

2.2) 创造一个主数据文件夹并且将你的数据文件放进这个文件夹里。因为最终生成的所有文件都将存储在这里,所以这个步骤可以确保数据处理的条理性。

:

* GC/MS的实验数据普遍使用的是*.CDF 格式; LC/MS的实验数据普遍使用的是 mzXML, mzML, mzData 格式。

* 关于怎样将你的数据转换成*.CDF 请参考这里 

 

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SmartDalton 软件使用详细指南


1) 开启 SmartDaltonTM 软件(可操作的  *.jar 文件)。 请注意如果你没有按照步骤1.2建议的安装Java , 该文件将不能操作。 

2) 在 SmartDaltonTM  的主页面上,用您的内置用户名(Username)和密码 (Password)登录。

 

3) 如上图所示,点击“开始新的工作(Start New Job)”按钮。

4) 如上图所示,点击屏幕上的“打开数据 (Open Data)”按钮。打开包含数据文件的文件夹(如 * .cdf文件),然后双击它。TIC数据图表将被加载上来。

 

5) 点击 “自动切割 (Auto Cut)”按钮,会有一个“自动切割参数设置 (Auto Cut Setting)”的弹出窗口。如下图所示,保持图上的参数设置不变,点击“Ok” 按钮。

 

6) 步骤6以后会显现如下屏幕。所有标识的峰均由TIC图上的蓝色倒三角表示,不同TIC间隔的峰也列在屏幕右侧。

 

7) 过滤区间:单击代表所选峰的列表数据(从索引1开始到列表结束)。单击“三维绘图 (Plot in 3D)”按钮,原始TIC数据的更好的三维可视化绘图会显示在弹出窗口中,这样可以更好地分析峰值。可以使用鼠标点击和拖动来旋转三维可视化绘图。如果判断出是可以保存的良好的峰,则单击“保存 ”按钮,继续下一个索引数据并重复过滤峰值操作。

 

:不同颜色的曲线代表列表中不同的分析峰值数据。如果某段曲线是黑色的,则意味着它没有被分析。

 

8) 如果需要修改三维可视化绘图上表示的峰值,例如,不准确的区间切割,则可以通过点击并拖动“选定区域 (Selected Area)”图上的区域进行修改,如下图所示。如有必要,请使用“ – ”按钮进行缩小,并重新选择覆盖整个等轴峰的区域,然后重复步骤8。

 

:修改峰值后,为保证质量,右键单击每个列表数据,并且点击“运行该区域”来判断解谱的质量(见下图)。如果需要,返回修改并重新运行该区域,直到获得令人满意的解谱结果为止。

 

9) 如果所选择的峰被判断为无/低质量峰值,请在其表格数据中的“采取行动 (Action)”框中打勾,右键单击数据并选择“删除所有选中区域 (Delete All Checked Area)”。

 

:如下图所示,可以随时停止SmartDalton™,请点击“保存批量文件(Save Batch File)”按钮保存已经批量处理的文件。批量处理文件名称是自动生成的,可以通过用户的首选项(* .cpb)进行更改,存储在步骤1中创建的主文件夹中。之后再次启动软件并单击“加载批处理文件 (Load Batch File)” 按钮时,可以恢复并重新使用保存的批处理文件。

 

10) 过滤整个数据列表后,点击“运行 (Run)”按钮进行解谱。出现提示时,将批处理文件保存在步骤1中创建的相同主文件夹中。根据列表的长度,整个运行过程可能需要大约0.5-2个小时分钟的时间。

 

点击“运行 (Run)”按钮后,解谱屏幕如下图所示:

 

11) 细化:由于背景噪音和干扰不会被分析和用于与NIST数据库匹配,所以需要识别这些因素并且从我们的结果中删除。因此,下一步是通过整个数据列表选择背景(BG)。在选定的数据上,点击标识的背景(BG)线并选中“背景(BG)”。浏览图中识别背景的所有彩色线条。继续数据列表上的下一个数据。

 

您可能遇到的另一种情况是看到两条镜像线,如下图所示。这些线被认为是背景,有必要删除其中的一个。请注意,这并没有影响或改变计算得到的光谱。在这种情况下,选择并单击其中的任何一个,取消选择“返回(R)” 并单击“Regenerate”。这将消除2条线中的1条,然后将剩下的那条线分配为“背景(BG)”。

 

12) 用户也可以通过右键点击索引数据并点击“重新运行该区域”,重新运行以查看是否可以得到更好的解谱结果。

 

13) 如果需要再次删除或修改峰区间,单击表格顶部的“编辑批处理文件 (Edit Batch File)”按钮。按照步骤8-11编辑。

 

14) 生成NIST可比对MSP文件:对整个数据列表进行细化并得到满意的结果后,进入最后一步 – 点击“生成MSP (Generate MSP)”按钮。msp文件(文件类型:Windows安装修补程序)生成了,并且自动保存在主文件夹中以供后续数据库比对。

 

用“Generate MSP”按钮生成的msp文件会存在主文件夹下。msp文件名和cpb的文件名相同。

 

———SmartDalton  详细操作步骤到此结束

**强力建议用户使用 ChemoPower公司的 MoleculeDBTM软件,MoleculeDBTM可以一边做 NIST 数据库比对,一边自动建立样品的成分数据库,而且大大节省时间。

 

 


NIST数据库比对操作说明

前提条件: 您需要拥有NIST程序和NIST数据库

 

 *.msp文件加载到NIST程序中进行镜像M/Z光谱比对head-to- tail

1)在您的硬盘上找到您的*.msp文件。如果文件扩展名是通过电子邮件发送给您的*.txt,请将文件扩展名重命名为“.msp”。

:请不要双击*.msp文件,这样做的话会弹出一个“窗口安装程序”的错误信息。

 

2) 打开你的NIST“MS搜索V2.x”主程序。

3) 通过单击菜单选项“文件 (File)”→“打开…(Open…)”将* .msp文件加载到您的NIST软件中,将其打开。 (见下图)

 

4) 在弹出的窗口中,点击“全部导入 (Import All)”。

 

:导入的列表将会很长,这就是为什么我们不想在每个区间计算结果中包含背景的原因,因为这些背景毫无意义,去除背景会节省我们的比对时间。(正如“SmartDalton™详细操作步骤”中步骤11所述 )

5) NIST程序将会自动开始比对光谱,如下图所示。

 

6) 一旦比对完成,双击窗口左上角列表中的每个项目,检查比对结果。

一定要“双击”每个项目来检查比对结果(Double click each data to see match result),否则数据库中的谱图不会更新。

 

7) 如下图所示,在右边的中间选择“Head-to-Tail”(镜像)标签来比较结果 。

  

8) 单击窗口左下方列表中的项目,查找最佳的镜像比对结果。

 

 

===========  NIST数据库比对操作说明结束 ===========